Instytut Historii PAN współpracuje na podstawie umów bezpośrednich zawartych z następującymi placówkami zagranicą:
– Instytut Historii Narodowej Akademii Nauk Białorusi (23.07.2008 do 31.12.2012)
– Instytut Historii Czeskiej Akademii Nauk w Pradze (20.12.2009 do 31.12.2015)
– Instytut Historii Czeskiej Akademii Nauk w Pradze – Porozumienie o współpracy Instytutów Historii Krajów Środkowoeuropejskich (18.10.2000 na czas nieokreślony)
– Instytut Filozofii Akademii Nauk Rep. Czeskiej, Centrum Studiów Mediewistycznych przy IF ANRCz, Uniwersytet Karola w Pradze (01.10.2006 do 31.12.2012)
– Instytut Historii Litwy w Wilnie (03.04.2001 na czas nieokreślony)
– Herder Institut e.V. w Marburgu (13.03.2003 na czas nieokreślony)
– Instytut Historii Powszechnej Rosyjskiej Akademii Nauk w Moskwie (21.03.2001 na czas nieokreślony)
– Instytut Historii Rosji Rosyjskiej Akademii Nauk w Moskwie (16.02.1996 na czas nieokreślony)
– Instytut Słowianoznawstwa Rosyjskiej Akademii Nauk w Moskwie (19.10.2007 do 31.12.2012)
– Instytut Historii Słowackiej Akademii Nauk (10.06.2003 na czas nieokreślony)
– Instytut Historii Ukrainy Narodowej Akademii Nauk Ukrainy w Kijowie (20.11.2001 do 31.12.2016)
– Ukraiński Katolicki Uniwersytet we Lwowie (01.09.2008 do 31.12.2012)