Pracownicy naukowi Instytutu Historii PAN owocnie współpracują z wieloma ośrodkami europejskimi i pozaeuropejskimi. Wyjazdy naukowe odbywają się na podstawie umów bezpośrednich zawartych przez Instytut z ośrodkami w Rosji, Czechach, Słowacji, Białorusi, Ukrainie, Litwie i Niemczech. Naukowcy uczestniczą też w projektach realizowanych na podstawie umów między Polską Akademią Nauk a akademiami: rosyjską, bułgarską, litewską, czeską, słowacką, białoruską i ukraińską. Pracownicy prowadzą indywidualne badania w Wielkiej Brytanii, Hiszpanii, Izraelu, Turcji, Japonii, Stanach Zjednoczonych; uczestniczą w licznych konferencjach międzynarodowych za granicą; wygłaszają wykłady w ośrodkach o międzynarodowym prestiżu takich jak Uniwersytet Pécs – Węgry, Uniwersytet w Pradze, Biblioteka Polska w Paryżu, Stacja Naukowa PAN w Wiedniu, Uniwersytet w Wiedniu, Uniwersytet w Kioto, Uniwersytet w Tokio, Uniwersytet w Chicago, Instytut Kultury Polskiej w Rzymie, Biblioteka Stefanyka we Lwowie, Uniwersytet w Bernie, w Ankarze i inne.