Instytut dysponuje znacznym potencjałem badawczym. Około 170 pracowników bierze udział w pracach badawczo-rozwojowych i oprócz indywidualnych projektów prowadzi prace dokumentacyjne służące potrzebom całej nauki historycznej w Polsce (słowniki, atlasy, bibliografie) oraz edycje tekstów źródłowych do dziejów Polski od średniowiecza po czasy najnowsze.

Działalność statutowa IH PAN obejmuje dwa główne nurty:
– prace naukowo-dokumentacyjne (biografistyka, prace bibliograficzne, studia nad geografią historyczna z elementami źródłoznawstwa);
– badania naukowe (studia źródłoznawcze i edytorskie – średniowiecze i epoka nowożytna, studia mediewistyczne, studia nowożytne, studia nad historią idei XIX–XX w., studia nad historią Europy Wschodniej XIX–XX w., studia nad historią społeczną XIX–XX w., studia nad dziejami dyplomacji i systemów totalitarnych XX w., studia nad historią Polski w 2. poł. XX w., studia nad dziejami Pomorza, synteza historii Prus 1871–1947).

Ponadto pracownicy realizują indywidualne i zbiorowe projekty badawcze finansowane przez Ministerstwo Edukacji i Nauki w ramach zadań Narodowego Centrum Nauki oraz Narodowego Programu Rozwoju Humanistyki, a także Narodową Agencję Wymiany Akademickiej.